清华大学-东京科学大学 ( 原东京工业大学 ) 联合培养研究生项目始于2004年，作为中日两国间第一个双硕士联合培养项目，具有重要的战略意义。该项目结合清华大学和东京科学大学人才培养优势，致力在生物、纳米科技以及人文社会科学领域培养具备多语言和多文化视野、具有全球胜任力和创新能力的杰出青年人才。通过此项目培养的学生将能够适应中日两国在前沿科技和人文社科领域的工作需求，并成为两国产业和社会合作的纽带。
　　项目采用双导师联合指导培养模式，每年由两校对等互派研究生，满足双方培养要求的研究生将获得两校分别授予的硕士学位。双方导师深度参与、联合培养、学科互动的模式，不仅深化了两校国际化人才联合培养，更带动了两校全方位、深层次的合作。在项目运行的20年间，两校已联合招生268名，派遣教学人员近250人次，学术交流互访超过 400人次，取得了良好的人才培养效果，成为中日两国间双学位研究生联合培养的典范。